"How come" – результат эллипсиса в выражении "how has it come", аналогичный выражению "how happened" (how has it happened), употребляется в значении: «каким образом, так произошло»; «почему»; «как так».

"How come" часто употребляется в неформальном варианте английского языка вместо вопросительного слова "why":

• Why did you leave the party early? → How come you left the party early? – Почему ты рано ушел с вечеринки?

• "You stayin' too, Mr. Tanner?" the boy asked. ("Вы тоже остаетесь, мистер Таннер?" – спросил мальчик.)

  "Not me," Tanner said. ("Только не я," – сказал Таннер.)

  "How come?" The boy bounced forward on the seat to peer over into Tanner's face. "Don'tcha⁽¹⁾ like Miz MacLeod?"^[1] ("Почему?" – Мальчик подпрыгнул на сиденье, чтобы заглянуть Таннеру в лицо. – "Тебе не нравится Миз Маклауд?")

Из привидённых примеров видно, что образование вопросительных предложений происходит без постановки вспомогательных или модальных глаголов перед подлежащим:

• Why can't you do that? → How come you can't do that? – Почему ты не можешь сделать это?